На сьогодні існує багато гіпотез походження еукаріотів, тому розглянемо основні з них. У ХІХ ст. та першій половині ХХ ст. переважна більшість біологів обминала питання походження еукаріотів, уважаючи, що вони виникли внаслідок дарвінівської еволюції, проте перехідні форми вимерли. Гіпотеза, що описувала походження еукаріотів за таким сценарієм, дістала назву автогенетичної (від грец. autos – сам і genesis – походження).